2011 nyarán, „A lelkiismereti és vallásszabadság jogáról, valamint az egyházak, vallásfelekezetek és vallási közösségek jogállásáról” címet viselő törvény tervezetében a 44 elismerendő egyház között a Magyarországon működő, egyházi státusban lévő három iszlám szervezet közül kettő – a Magyarországi Muszlimok Egyháza, illetve a Magyar Iszlám Közösség – szerepelt a tervezet „C” mellékletében (vagyis a nemzetközi kapcsolatokkal rendelkező, világvallást képviselő vallási szervezetek között). A parlamenti vitát és szavazást követően a 2011. július 13-án elfogadott 102. törvényben mindössze 14 egyház kapott elismerést, amelyek között nem volt iszlám szervezet.

Az országban működő több mint 300 egyház közül 84 egyház benyújtotta jelentkezését a Közigazgatási és Igazságügyi Minisztériumban működő, az egyházi kapcsolatokért felelős államtitkársághoz, kifejezve azon szándékukat, hogy a továbbiakban is egyházi formában kívánnak működni. A 84 szervezetből álló, sajtóforrásokban többször leközölt listán két iszlám szervezet, a Magyarországi Muszlimok Egyháza és a Magyar Iszlám Közösség szerepelt. (Ennek alapján feltételezhető volt, hogy a harmadik egyházi besorolással rendelkező iszlám szervezet, az Iszlám Egyház nem kívánt egyházi státuszban tovább működni.)

2011. december 16-án Lázár János, a Fidesz frakcióvezetője bejelentette, hogy hatályon kívül helyezik a júliusban elfogadott egyházügyi törvényt ""jogtechnikai megfontolások"" miatt. Ezt követően 2011. december 19-én az Alkotmánybíróság határozatában megállapította, hogy a lelkiismereti és vallásszabadság jogáról, valamint az egyházak, vallásfelekezetek és vallási közösségek jogállásáról szóló törvény közjogi érvénytelenség miatt alkotmányellenes, ezért azt megsemmisítette azt. Az Alkotmánybíróság döntésének indoklásában kifejtette, hogy az egyházi törvény megalkotása során a törvényjavaslathoz képest koncepcionális változást tartalmazó módosító javaslat benyújtására és elfogadására került sor a zárószavazást megelőzően, ami ellentétben állt a Házszabálynak a jogalkotás ésszerű rendjét biztosító rendelkezésével, ami az Alkotmány egyes pontjainak sérelmét eredményezte.

2011 októberében a Magyarországi Muszlimok Egyháza tárgyalásokat kezdeményezett a Magyar Iszlám Közösséggel és az Iszlám Egyházzal. Az Iszlám Egyház nem kívánt semmiféle olyan együttműködésbe részt venni, amelyben a Magyar Iszlám Közösség is részt vesz. (Továbbá az Iszlám Egyház az egyik muszlim ország nagykövete által összehívott találkozón kifejtette, hogy számára kedvezőbb az egyesületi vagy az alapítványi forma, s ezért ők nem is terveznek jelentkezni az egyházi státusra.) Az elkezdett tárgyalások nyomán a Magyarországi Muszlimok Egyháza és a Magyar Iszlám Közösség megalakította 2011 decemberében a Magyarországi Iszlám Tanácsot, amelyet a Fővárosi Bíróság decemberben nem jegyzett be, hanem 30 napos határidővel hiánypótlást kért. 2012 januárjában– a kért hiánypótlás beadását követően, a 2011. december 30-án elfogadott 206. törvényre hivatkozva – illetékesség hiányára hivatkozva nem vette nyilvántartásba a Magyarországi Iszlám Tanácsot.

Az Országgyűlés 2011. december 30-án fogadta el a 206. törvényt, amelyben változatlanul csak a korábbi 14 egyház kapott elismerést. A törvény azonban 2012. február 29-ig lehetővé tette az egyházi státus megtartása érdekében bejelentkezett 84 vallási szervezetnek az egyházként való működést. Illetve e szervezeteknek az Országgyűlés Emberi Jogi, Kisebbségi, Civil- és Vallásügyi Bizottságához be kellett adniuk a 206. törvényben meghatározott dokumentumokat kérelmük elbírálása érdekében.

A Magyarországi Muszlimok Egyháza több muszlim ország budapesti nagykövetségének ajánlásával ismételten kérte az Országgyűlés Emberi Jogi, Kisebbségi, Civil- és Vallásügyi Bizottságához, illetve az Igazságügyi és Rendészeti Minisztériumban működő Egyházi Kapcsolatok Államtitkárságához. E jelentkezés tartalmazta (a jogszabályi előírásnak megfelelően) a Magyarországi Muszlimok Egyháza Alapszabályát, Belső Szabályzatát, a tisztségviselők megválasztását igazoló jegyzőkönyvek másolatait, illetve a jogszabályban meghatározott nyilatkozatokat és formanyomtatványokat.

A Magyarországi Iszlám Tanács dokumentumai is benyújtásra kerültek Országgyűlés Emberi Jogi, Kisebbségi, Civil- és Vallásügyi Bizottságához, illetve az Igazságügyi és Rendészeti Minisztériumban működő Egyházi Kapcsolatok Államtitkárságához.

2012. február 10-én Országgyűlés Emberi Jogi, Kisebbségi, Civil- és Vallásügyi Bizottsága módosító indítványt nyújtott be, amely 17 egyházként elfogadásra javasolt vallási szervezet között csak a Magyar Iszlám Közösséget tartalmazta. A módosító indítvány február 13-i módosításában azonban már szerepelt a Magyarországi Muszlimok Egyháza, illetve a Magyarországi Iszlám Tanács neve, így az elfogadásra javasolt szervezetek száma 18-ra bővült. Ezt az indítványt fogadta el a Parlament a február 27-i zárószavazásban, s így az elismert egyházak száma 32-re emelkedett, s a Magyarországi Muszlimok Egyháza az elkövetkező időszakban is egyházként tevékenykedhet.

Annak ellenére, hogy 2011. 206. törvény hivatkozik a Magyarországi Iszlám Tanácsra (amely a Magyarországi Muszlimok Egyházából és a Magyar Iszlám Közösségből áll) a Magyarországi Iszlám Tanács virtuális szervezet, mert a jelenlegi törvények szerint nem lehet nyilvántartásba venni, alapvetően a kettős jogalanyiság miatt. Ezért e szervezet számlát nem bocsáthat ki, tulajdont nem szerezhet, bankszámlát nem nyithat, támogatást nem fogadhat el. Így lényegében a két alapító egyház önkéntes önkorlátozó megállapodásaként, virtuális szervezetként funkcionál. A „tagszervezetek” azonban teljes jogú egyházként működnek, mindenféle korlátozás nélkül. (Az említett törvényben hivatkozott, más vallások képviselői által létre hozott szövetségek, illetve tagszervezetek ugyanebben a helyzetben vannak.)

2012. február 28. (kiegészítésekkel ellátva 2012. december 17.)"